이식 수술은 성공적으로 이루어졌지만 여러 가지 원인에 의해서 이식 수술 후 새로운 간장이 기능을 잘하지 못하는 것으로 주로 뇌사자 이식에서 볼 수 있고 그 빈도가 약 5%정도라고 합니다. 그 주된 원인은 뇌사자에서 간의 품질이 나빠졌거나 뇌사자에서 적출한 간을 장기간 보관하였을 때 주로 일어납니다. 이럴 경우에는 정도가 약하면 약물 치료로 호전되지만 심하면 다시 이식까지 하는 치명적인 합병증입니다.

담도 합병증은 수술 후 담도 문합부 주위에서 담즙이 새어서 나타나는 누출 현상과 문합부가 좁아지는 협착이 주된 합병증이고 특히 생체 간이식에서 많이 발생합니다. 생체 간이식 수술에도 공여자와 수여자의 담관을 직접 문합하는 문합부 담관의 직경이 약 5mm전후이고 공여자의 담관에 변이가 있을 때는 직경이 더욱 가늘어져서 문합에 어려움이 있어 비교적 높은 빈도로 발생합니다. 담즙누출의 경우는 수술시 설치한 배액 관을 통한 적절한 배액이 이루어지는 경우 시간이 경과함에 따라 누출이 멈추는 경우가 많습니다. 담즙협착은 황달, 소양감(가렴증), 간 기능 부전 등으로 이루어지는 경우가 많기 때문에 좁아진 협착부위를 넓히거나 더 좁아지는 것을 막기 위해 위내시경을 통해 담도에 도달하여 담도 내에 관을 넣어서 배액하기도하고 외부에서 간을 통과하여 담도 내에 관을 설치하기도 합니다. 이는 대부분 부분 마취 하에서 이루어지며 대부분 재수술을 필요로 하지 않습니다.

간이식 수술은 간 동맥, 간정맥, 간 문맥 및 하대정맥 등 크고 작은 혈관들을 문합하는 수술로서 수술 후 이러한 혈관의 개통이 원활하지 않을 때 이식간의 기능이 저하됩니다. 합병증은 혈관 문합부가 좁아지거나 문합된 혈관이 막히는 것입니다. 이러한 혈관의 개존 여부 및 적절한 기능을 평가하기 위해 간 도플러 초음파 검사 및 혈관 재건 컴퓨터 촬영을 일정한 일정에 따라 시행하여 발생할 수 있는 문제를 조기에 발견하여 치료하도록 하고 있습니다.

거부반응이란 우리 몸이 이식된 타인의 간을 적으로 생각하고 방어력을 총동원하여 자기와 조직 형이 다른 이식된 간을 파괴하는 일종의 면역반응입니다.
간은 신장 등보다 면역학적인 반응이 적지만 역시 높은 거부반응의 위험(특히 이식초기)이 있습니다. 면역 억제제는 이러한 거부반응을 막기 위해 복용하는 것으로 이식초기에는 특히 혈중농도 측정을 통해 적절하게 면역 억제제의 혈중 농도를 유지하는 것이 거부반응 예방에 중요합니다.
거부반응의 초기증상들은 다음과 같습니다.

거부반응이 의심될 경우에는 면역억제제 혈중 농도를 확인하여 적절한 투여가 이루어지는지 확인하게 되며, 확진을 위해 간 조직검사를 시행할 수 있습니다. 확진이 되면 대부분 환자에서 사용 중인 면역억제제의 약을 변경 또는 증량하는 방법으로 치료가 이루어지며 심할 경우는 스테로이드 충격요법 및 단 클론 항 림프구 항체요법 등을 병용할 수 있습니다. 간이식후 수개월 및 수년 후에 간 기능이 점차적으로 감소되는 만성거부반응이 발생할 수도 있습니다.

간이식 수술후 면역억제제를 오래 동안 복용해야 하며, 특히 이식 초기에는 높은 용량으로 복용하기 때문에 면역억제로 인한 감염의 위험이 매우 높으며 수술초기에 사망하는 대부분의 원인에 해당됩니다. 감염의 원인균은 일반인과 같이 세균이나 바이러스성 감염이 주로 많고 일반인에게는 흔히 보이지 않은 바이러스성 및 진균 감염도 높은 빈도를 차지합니다. 거대세포 바이러스, 대상포진바이러스, 칸디다(Candida) 및 아스페르질루스(Aspergillus) 등이 여기에 해당됩니다.
간이식후 발생할 수 있는 합병증 중 거부반응과 감염은 마치 칼의 양날과도 같아서 감염의 위험이 있으면 면역억제의 투여량을 줄이거나 끊어 면역억제 상태로부터 회복시키는 것이 치료에 도움이 되는데 이 경우 거부반응의 위험이 높아지고, 거부반응의 위험이 있으면 면역억제요법을 증가시켜야 하는데 이 경우는 감염의 위험이 커지게 됩니다.